Es el órgano de funcionamiento no permanente cuya misión es asistir al titular del ejecutivo municipal antes, durante y después de una emergencia. Están formadas por un representante (con poder de decisión) de cada una de las entidades que pudieran estar involucradas en una emergencia, en general se designan vocales permanentes, suelen ser el intendente con su equipo de trabajo, jefe de policía, jefe de bomberos, y representante de salud. Los vocales no permanentes serán quienes se convoquen en situaciones particulares que lo requieran, como pudieran ser representantes de empresas proveedoras de luz, gas, combustible, radioaficionados, etc.
La junta municipal deberá reunirse en forma periódica a efectos de evaluar planes e hipótesis de emergencia que permitan estar preparados ante cualquier suceso que pudiera afectar a la población.
Desde la dirección fomentamos y acompañamos a los municipios en la creación y mantenimiento tanto de las Juntas Municipales como de mapas de riesgo, mapas de recursos disponibles y planes de emergencia, ya que consideramos que es de suma importancia estar preparados y actuar de manera coordinada ante cualquier emergencia.